基层党组织是党的全部工作和战斗力的基础，也是党执政的组织基础。自1988年建立机关党工委以来，虽然中央出台一系列机关党组织工作条例和规定，但没有能够从根本上解决好机关党组织的地位和作用。新一轮解放思想，主要是破除阻碍科学发展的体制机制。加强机关党的建设，更需要解放思想、实事求是，推进机关党组织管理体制改革。从各地机关党建工作的实践来看，要着重解决机关党组织管理体制中存在的“三个不适应”问题。
一是解决管理模式不适应的问题。机关党工委是地方党委派出的代表机关，与机关党委是完全不同的两个概念，在地位和作用方面有着不同。但在现有的工作模式中，把机关党工委视同机关党委的大有人在。这削弱了机关党工委代表地方党委领导机关党建工作的力度。党的十六大第一次明确部门党组的领导核心地位，强化部门党组的领导作用。而地方党委普遍采用设立部门党委的做法，不仅没有增强部门党委工作的职能，相反混洧了党员包括党员领导干部对机关党组织管理权限的理解和认同，使党组织管理体制陷于混乱之中，进一步削弱机关党组织作用的发挥。各级地方党委都应该本着实事求是的原则，认真研究和探索党组织的管理体制问题，凡是不利于基层党组织发挥作用的管理体制都应该改进，凡是不利于党员教育、管理、监督的模式都应该摒弃。尤其是地方党委职能部门要进一步解放思想，既善于统揽全局，又善于放权搞活，调动基层党组织和党员的积极性和创造性。对机关党组织而言，要进一步落实党建工作责任制，找准党组织活动与行政业务工作的结合点，不断改进活动内容和工作方式，充分发挥党政机关具备的各方面优势，增强党组织工作的活力。
二是解决党组织作用发挥不适应的问题。党章和《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》明确规定，机关党组织处于协助和监督地位。事实上，部门党委非常看重的是自身掌握的人财物管理权，不断地强化行政管理措施，没有把机关党组织作为一种政治力量来看待，从而忽略机关党组织的教育、管理、监督和服务作用。因此，无论是协助和监督，机关党组织都很难正常发挥出应有的作用。保障机关党组织的作用发挥，必须改进机关党工委、机关党组织职能地位不明确的现状。
三是解决党建工作考核方式不适应的问题。农村基层党组织的地位和作用比较特殊，地方党委也历来把农村基层党组织建设作为基层组织建设的重点，由党委组织部门亲自抓，考核办法、奖惩措施非常细致、到位，这无可厚非。而同样处于特殊地位和作用的机关党组织工作，主要依靠机关党工委组织的常规调研，能够纳入地方党委综合考核的却很少见。目标考核具有十分重要的导向作用，明白地体现地方党委对某项具体工作的重视程度。在机关党建工作不纳入地方党委综合目标考核体系这种形势下，各部门党组（党委）只注重行政业务而忽视机关党的建设，也在情理之中。把机关党组织工作纳入地方党委综合目标考核体系当中，应该成为地方党委总揽全局的一个考量。
